为了更好地促进学生的技能培训，增加就业途径，提高就业效率，有机食品工程系从建系以来，就把实习实训基地建设放在首位，经过多年的努力，截止到2011年5月，有机食品工程系的实习实训基地已经建设了20余家，已经能够满足现有学生的实习实训教学工作。
主要实习实训基地合作单位如下：
1. 南京白龙有机农业科技开发有限公司
2. 南京亿杨农牧有限公司
3. 南京黒玉特种家禽养殖专业合作社
4. 南京咀留香食品有限公司
5. 南京苏安百货有限公司
6. 南京润豪营销策划有限公司
7. 南京茂生源科技有限公司
8. 南京普朗克科贸有限公司
9. 上海赐宝康农业技术有限公司
10.上海百欧欢农产品有限公司
11.杭州新生态农业管理有限公司
12.河北企美农业科技有限公司
13.北京六合神州生物工程技术有限公司
14.运城市河东乌麦黑色食品有限公司
15.上海同脉食品有限公司16.
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